Republic CommandoOrder 66

С поражением графа Дуку КНС ослабла, и отряды клонов-коммандос отправляют на задания по всей галактике в помощь военным усилиям.

На Като-Неймоидию высаживают отряд коммандос, чтобы схватить руководство КНС. Но пока они пробиваются через базу сепаратистов, отдан Приказ 66, и у отряда новая цель: уничтожить магистра-джедая Пло Куна, который возглавлял вторжение Республики на планету, а теперь пытается улететь на истребителе.

На Мигито Великая армия Республики сражается за планету, чтобы ослабить Банковский клан. Коммандос приказано уничтожить генерала Ки-Ади-Мунди, командовавшего силами Республики на этой планете.

На Утапау коммандос помогают силам вторжения Республики схватить генерала Гривуса и разбить его армию дроидов. Пробиваясь сквозь сопротивление, коммандос получают приказ уничтожить генерала Оби-Вана Кеноби, которого, судя по всему, загнали в угол. Коммандос вроде бы добиваются успеха, но смерть Кеноби так и не подтверждена. Как бы то ни было, Гривус побеждён, а планета захвачена.

На Кашиик коммандос посылают помочь не дать сепаратистам захватить планету — она лежит на важном навигационном маршруте в Юго-Западном квадранте (так в оригинале). Пробившись сквозь захватчиков, коммандос получают приказ найти и уничтожить магистров-джедаев Луминару Ундули и Йоду. В бою они убивают Ундули, но Йоде удаётся уйти, и, как полагают, он покинул планету.

Джедаи подняли мятеж против Республики. Канцлер Палпатин приказывает отряду коммандос сопровождать новопосвящённого Дарта Вейдера и 501-й легион при штурме Храма джедаев на Корусанте. Пробившись сквозь защитников, коммандос получают задачу уничтожить наставника джедаев по боевой подготовке Сина Дрэллига, который руководит обороной и отбрасывает силы Вейдера. После поражения Дрэллига с оставшимися защитниками расправляются, и мятеж джедаев подавлен.