Пролог игры происходит после уничтожения Альдераана. По приказу Дарта Вейдера коммодор Рей Слоун отправляет со звёздного разрушителя класса «Империал II» «Бдительный» эскадрилью «Спираль» под командованием капитана Линдона Джейвса в Фостар-Хейвен, чтобы уничтожить возможный конвой беженцев с Альдераана. Капитан Джейвс, после недавнего уничтожения Альдераана сомневающийся в верности Галактической Империи, велит использовать только обычные TIE-истребители. Его заместительница, подруга и ведомая лейтенант Териса Керрилл, по-прежнему беззаветно преданная Империи, этого решения не одобряет. Прибыв в Фостар-Хейвен, «Спираль» начинает сканировать корабли. Эскадрилья открывает огонь по убегающему кораблю, и начальник станции включает её оборону. После короткой перестрелки в туннеле обнаруживают конвой беженцев с Альдераана, и между «Спиралью» и X-wing повстанцев завязывается воздушный бой. Уничтожив X-wing, лейтенант Керрилл приказывает преследовать конвой в туннеле. Но прежде чем «Спираль» успевает уничтожить конвой, капитан Джейвс выводит из строя их TIE-истребители ионными ракетами. Потрясённая предательством Джейвса, лейтенант Керрилл быстро перезагружает корабль и приказывает преследовать его. После короткой погони Джейвс обрушивает выход из туннеля, запирая «Спираль». Джейвс и конвой вылетают из туннеля, но прямо перед ними из гиперпространства выходит «Бдительный», отрезая путь к бегству.
Где-то в Среднем кольце флот повстанцев под командованием адмирала Гиала Акбара получает сигнал бедствия из Фостар-Хейвена. Акбар отправляет на помощь эскадрилью «Эхо». В Фостар-Хейвене «Эхо» видит, что «Бдительный» атакует конвой беженцев. Когда они идут на выручку, «Эхо-5» сбит и погибает. «Эхо» получает передачу от Линдона Джейвса по имперскому каналу и принимает его помощь как перебежчика. После боя, в котором гибнет «Эхо-2», эскадрилья повреждает «Бдительный» достаточно надолго, чтобы конвой и повстанцы успели уйти.
Через четыре года, после битвы при Эндоре, начинается основной сюжет игры; в центре — две эскадрильи истребителей: эскадрилья Новой Республики «Авангард» и эскадрилья Галактической Империи «Титан». По сюжету «два пилота определяют расстановку сил в галактике». Часть сюжета посвящена проекту Новой Республики «Звёздный ястреб», о котором прознала Империя и послала шпионов разобраться. Игрок играет и за «Авангард-5» в эскадрилье Новой Республики, и за «Титан-3» в имперской эскадрилье.
Помимо игрока, в «Авангарде» четверо пилотов: Кира «Ганни» Кува — мимбанка, ведущая «Авангарда», или «Авангард-1»; Гракалия «Грейс» Ватара Сиенар — женщина-человек; Фереск «Фриск» Тссат — трандошанин; и Кео Вензи — небинарный мириаланин. Вскоре после битвы при Эндоре Линдон Джейвс получает командование кораблём «Сдержанность» и эскадрильей «Авангард» и сразу запрягает их в работу на проект «Звёздный ястреб». Вместе с офицером разведки флота Ардо Бародаем и главным механиком Зерельдой Сейдж Джейвс поручает «Авангарду» вывести из строя имперские корабли-глушители, вызывающие потерю связи. Для этого задания «Авангард» разделяется и собирается снова у Каваса, где после небольшого боя корабль-глушитель уничтожен. Едва вернувшись, «Авангард» отправляется на следующее задание: вместе с Веджем Антиллесом и группой «Талус» захватить звёздный разрушитель класса «Империал II» «Победоносный» над планетой Явин-Прайм. Несмотря на тяжёлые потери, им это удаётся, и звёздный разрушитель забирают для проекта «Звёздный ястреб». «Авангард» возвращается на «Сдержанность», не слишком довольный секретностью вокруг проекта. Командир Джейвс пытается их успокоить, но его прерывает жёлтый код с «Победоносного»: гиперпривод отказал в тылу врага, и корабль выдернуло из гиперпространства. Имперские корабли летят вернуть «Победоносный», и «Авангард» отправляют его защищать. Уничтожив несколько имперских шаттлов, «Авангард» даёт экипажу «Победоносного» время починить гиперпривод и прыгнуть в безопасное место. Последовав за «Победоносным» к окраине туманности Рингали, «Авангард» узнаёт, что проект «Звёздный ястреб» — это строительство линкора на верфях Надири под руководством генерала Геры Синдуллы.
Помимо игрока, в «Титане» четверо пилотов: Варко Грей — человек; Релла Сол — человек; Шен — мужчина-человек, живущий благодаря кибернетике; и Хавина Вонрег — женщина-человек. В системе Талсин имперский звёздный разрушитель «Надзиратель» под командованием капитана Терисы Керрилл, которой помогают офицер имперской разведки LT-514 и главный механик Уиллард Уэйлин, получает приказ адмирала Рей Слоун найти и уничтожить Линдона Джейвса и проект «Звёздный ястреб». Керрилл поручает это эскадрилье «Титан». Их первое задание — вывезти имперского шпиона, агента Торн, с орбитального аванпоста Хосниан-Прайма. Им это удаётся почти без потерь. Получив сведения Торн, «Титан» отправляют проследить путь инженерного конвоя Новой Республики от Хосниан-Прайма у Десевро, чтобы узнать, где находится проект «Звёздный ястреб». Местным имперским силам во главе с капитаном Амосом и повреждённым звёздным разрушителем «Мучитель» велено не вмешиваться в эту скрытную операцию, но заносчивый Амос атакует конвой. В последовавшем бою «Титану» приходится выйти из укрытия, чтобы защитить конвой от Амоса. Имперским шаттлам удаётся высадиться на корабли конвоя и забрать данные, но Амос погибает, а «Мучитель» уничтожен. Из почти стёртых данных удаётся узнать лишь сектор. Керрилл приказывает уничтожить конвой, чтобы дать Линдону Джейвсу понять: они идут за ним.
Чтобы сбить Терису Керрилл со следа проекта «Звёздный ястреб», Линдон Джейвс отправляет сообщение, рассчитывая, что его перехватит имперский пост прослушивания у Эсселеса. Джейвс посылает «Авангард» уничтожить пост, чтобы Керрилл решила, будто они что-то скрывают о проекте, и пошла по ложному следу. «Авангард» уничтожает пост, и Керрилл заглатывает наживку. По ложным сведениям «Авангард» охраняет партию кристаллов магнита, необходимых для завершения «Звёздного ястреба». Этой дезинформацией Керрилл и «Надзирателя» заманивают глубоко в Завианскую бездну. Ловушка срабатывает, но «Титан» успевает просканировать навикомпьютер конвоя и узнать точное расположение верфей Надири. Появляется «Звёздный ястреб» и включает мощный притягивающий луч, который разрывает «Надзирателя» и швыряет его на окружающие астероиды. Керрилл удаётся уйти прыжком на тяжело повреждённом корабле.
«Надзиратель» выходит из гиперпространства в системе Ремитик и сразу посылает сигнал бедствия на ближайший имперский склад боеприпасов под командованием полковника Гралма. Гралм, у которого свои проблемы с партизанами-повстанцами, не желает помогать «Надзирателю», и Териса Керрилл отправляет «Титан» забрать с аванпоста барадий, пока тот атакуют повстанцы. LT-514 удалённо забирает барадий, и почти отремонтированный «Надзиратель» улетает. Чтобы отвлечь флот Новой Республики от верфей Надири, адмирал Слоун приказывает одновременно атаковать цели Новой Республики по всей галактике. «Надзирателя» и «Титан» посылают уничтожить топливные капсулы и медицинские фрегаты над Мон-Калой. Слоун также отправляет имперские боевые группы ударить по Ондерону и Горсу, чтобы нарушить линии снабжения Новой Республики. У Мон-Калы «Титан» встречает яростное сопротивление эскадрильи «Наковальня», с которой Шен уже сталкивался и которой проиграл. В бою «Титану» удаётся уничтожить «Серебряную корону» и нанести тяжёлый урон «Наковальне». Отвлекающий удар удаётся, и «Авангард» спешит на помощь силам у Мон-Калы. Пока «Авангарда» нет, «Надзиратель» летит к верфям Надири и атакует «Звёздного ястреба», тяжело повредив ему гиперпривод барадиевыми ракетами. В тот самый момент, когда Керрилл выпускает смертельный ракетный залп, перед «Звёздным ястребом» из гиперпространства выходят Линдон Джейвс и «Сдержанность», принимают ракеты на себя и повреждают свой гиперпривод. «Сдержанности» удаётся сбить систему наведения ракет «Надзирателя», и Керрилл отступает. Когда флот у Надири уходит, «Титан» посылают перехватить его на пути к Чандриле с реакторными ядрами, оставшимися от разобранного «Победоносного». «Титан» уничтожает флот, кроме «Звёздного ястреба», который сворачивает к туманности Рингали.
Раненый и почти беззащитный Линдон Джейвс посылает «Авангард» и Зерельду Сейдж перезапустить ближний узел связи, когда-то вращавшийся вокруг Галитана. Им удаётся починить узел и отправить Новой Республике сигнал бедствия. Несмотря на успех, «Звёздный ястреб» слишком повреждён, и генерал Синдулла приказывает эвакуировать экипаж на «Сдержанность». Чтобы помочь «Сдержанности» уйти, Джейвс садится в X-wing и выигрывает время на починку гиперпривода. Благодаря сигналу бедствия как раз вовремя прибывает «Наковальня» и помогает Джейвсу сражаться с «Надзирателем», пока «Сдержанность» отрывается от флота. Генерал Синдулла отправляет эскадрильи «Метеор» и «Град» отбить у Империи верфи Надири.
Следуя по пятам за флотом Новой Республики, Териса Керрилл не обращает внимания на «Сдержанность» и преследует «Звёздного ястреба». В последнем ударе «Титан» атакует «Звёздного ястреба». «Титану-3» удаётся пробить дыру в корпусе и пролететь по шахте к ядру притягивающего луча. Уничтожив реакторы, «Титан-3» вылетает из шахты, и «Звёздный ястреб» превращается в бомбу замедленного действия. В последней попытке отбиться от Империи Линдон Джейвс атакует «Титан», но его X-wing сбивают, и он врезается в борт горящего линкора. Сочтя его погибшим, Керрилл отзывает «Титан» на «Надзиратель». Когда тот уходит, оставшиеся имперские силы преследуют горящий «Звёздный ястреб». За службу «Титана-3» производят в лётные бароны.
На борту «Сдержанности» генерал Синдулла посылает «Авангард» спасти «Наковальню» от оставшихся имперских сил. «Авангард» уничтожает ближайший звёздный разрушитель, позволяя «Наковальне» уйти. Расчищая путь, «Авангард» получает передачу от Линдона Джейвса, пережившего крушение. Несколько корветов CR90 выстраиваются перед «Звёздным ястребом», периодически выпускающим притягивающие лучи. Корветы буксируют «Звёздного ястреба» прямо на нестабильную луну Галитан, окружённую имперскими силами, а Джейвс улетает со «Звёздного ястреба» на X-wing. Корветы отходят, и «Авангард» прикрывает «Звёздного ястреба» на пути к луне. «Звёздный ястреб» врезается в неё и взрывается, увлекая луну за собой. Взрыв поглощает все оставшиеся имперские силы, и «Авангард» едва успевает уйти. Эскадрилья воссоединяется со «Сдержанностью» и летит на Чандрилу — инженеры целы и готовы отстроить «Звёздного ястреба» и не только.
Комментарии